A principios del 2004, al reconocer la necesidad de un fondo regional y de una institución coordinadora, representantes de los fondos de conservación en cada país de la regiòn SAM (Belice, Guatemala, Honduras y México) iniciaron el Fondo para el Sistema Arrecifal Mesoamericano (Fondo SAM).
El Fondo SAM es un fondo privado y participativo con una Junta Directiva integrada por donantes, expertos, la Comisión Centroamericana de Ambiente y Desarrollo (CCAD) y los fondos ambientales de cada uno de los países que componen el Arrecife Mesoamericano PACT (Belice), Fundación para la Conservación de los Recursos Naturales y Ambiente en Guatemala (FCG), Fundación Biosfera (Honduras) y el Fondo Mexicano para la Conservación de la Naturaleza (México).
La misión del Fondo SAM es inspirar soluciones regionales e innovadoras a temas críticos del Arrecife Mesoamericano, a través de apoyo financiero significativo y a largo plazo a fin de que las futuras generaciones puedan gozar y beneficiarse de un sistema arrecifal en buen estado.
Los objetivos del Fondo SAM son (1) proporcionar sostenibilidad financiera a largo plazo para el manejo de recursos naturales e iniciativas de conservación en la ecoregión del SAM, (2) fortalecer la alianza entre los cuatro fondos participantes, y (3) consolidar y asignar las contribuciones de los donantes a objetivos comunes y estratégicos en la ecoregión.
Para llevar esto a cabo, el Fondo SAM operará como un organismo ecoregional de planeación y coordinación que priorizará proyectos y distribuirá fondos apoyado en las capacidades técnicas, administrativas y financieras preexistentes de los cuatro fondos fundadores. Para el 2010, el Fondo Arrecifal Mesoamericano espera ser reconocido y respetado como un fondo confiable y transparente que es capaz de sostener y financiar alianzas transnacionales, políticas y prácticas efectivas orientadas a la conservación del arrecife mesoamericano y a promover la salud y el bienestar de los habitantes de la región.
Salvando nuestros Santuarios: Un legado de conservación. Este programa apoyará el establecimiento y protección de una red interconectada y funcional de las áreas protegidas costeras y marinas en la región.
Pescando para el Futuro: Pesquerías sostenibles para un arrecife próspero. Se apoyará la participación comunitaria en el co-manejo de sus pesquerías.